深さの床を地面に対して、どのような高さにするかによって、かさ上げ式、半地下式、掘り下げ式があります。多少施工費用が高くなりますが、バケットローダーで床材の搬出が容易なかさ上げ式をお勧めします。
床の底が、地面の土のままの豚舎と、コンクリート等で密閉されている豚舎があります。発酵床の床の深さを60cm以上にしても、尿などの成分が浸透するので、土のままでは地下水の汚染源になります。底は必ず遮水するようにしてください。
発酵床豚舎は、ハウス豚舎として普及した経緯があり、ハウスをそのまま1つの豚房にした広さの豚房があります。一方、通常のスノコ豚舎を改造した発酵床豚舎もあります。豚房が広いと建設コストを安くできますが、豚の出荷作業が1人ではできなかったり、トイレの部分が集中しすぎたりする問題があります。間口をバケットローダーの幅に合わせた構造にすると、床材の搬出作業が容易になるのでお勧めです。
通常の豚舎のように、木造や鉄骨によるものの他に、ビニールハウスを流用した豚舎があります。ハウス豚舎の場合は、遮熱性の高いシートを被せ、左右のシートをまくって風が通せるようにする等により、暑熱対策をしっかりと行う必要があります。