一次発酵では、易分解性有機物の分解を進めることによる60〜70℃の発熱によって、病原性細菌やクリプトスポリジウム、並びに雑草の種子を死滅させます。 二次発酵では、木質などの炭素分の多い有機物の分解がさらに進むことで、植物に害のある物質が除去され、C/N比が低下して成分的に安定した堆肥になります。
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